Détection, quantification et identification du Campylobacter dans l'eau environnementale de l'Estrie

Abstract

Le Campylobacter est le plus important agent d'entérites bactériennes dans les pays industrialisés et en voie de développement. Des études récentes suggèrent que l'eau non-traitée est une source sous-estimée d'infections sporadiques chez l'humain. Dans le cadre du volet environnemental du projet CampyloGIS, mon projet principal consistait en l'étude de la prévalence et de la quantité du Campylobacter retrouvé dans les eaux environnementales de l'Estrie. Trente-deux sites d'échantillonnage d'eau ont été sélectionnés dans les 7 MRC de l'Estrie pour être échantillonnés hebdomadairement du 17 juillet 2005 au 08 juillet 2007. Globalement, 1071/2481 (43%), 1481/2471 (60%) et 1463/2471 (59%) échantillons d'eau étaient respectivement positifs pour Campylobacter spp., les coliformes thermotolérants et E. coli . Il y avait une faible corrélation entre la prévalence hebdomadaire du Campylobacter spp. et des coliformes thermotolérants (rho de Spearman = 0,27; P = 0,008) et entre la quantité de ces deux microorganismes (tau-b de Kendall = 0,233; P < 0,0001). Également, plus de 150 échantillons d'eau de puits privés situés en Estrie ont été gracieusement analysés au cours de ce projet. Cinq échantillons d'eau de puits de surface sur 53 étaient positifs pour C. jejuni et seulement deux d'entre eux étaient aussi positifs pour les coliformes thermotolérants. Ces résultats suggèrent que les indicateurs de pollution fécale, comme les coliformes thermotolérants, ne sont pas suffisants pour correctement évaluer la présence et/ou la quantité du Campylobacter dans l'eau environnementale. Mon deuxième projet consistait en le développement d'une approche moléculaire d'identification à l'espèce de C. jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis et C. fetus basée sur la PCR hippurate, la PCR 16S et la PCR-RFLP. Présentement, l'approche moléculaire permettrait d'éviter la mauvaise identification de 526/1950 isolats (27%) préalablement mal identifiés par les tests biochimiques seuls. Jusqu'à présent, l'approche moléculaire ne permettrait toutefois pas d'identifier correctement à l'espèce 35/1950 isolats (1,8%) de Campylobacter. Cette approche moléculaire a permis de confirmer la nécessité d'utiliser plus d'une technique afin de s'assurer de l'identification à l'espèce adéquate du Campylobacter. Finalement, la présence soutenue et la forte concentration occasionnelle du Campylobacter détecté dans les eaux environnementales de l'Estrie, ont porté à se questionner sur l'utilité de développer une méthode efficace de détection et de quantification du Campylobacter dans l'eau. De cette réflexion et des difficultés d'exécution qu'entraîne l'utilisation de la méthode MPN comme outil quantitatif, est né mon troisième projet, soit un protocole de RT-PCR semi-quantitative précédée d'un enrichissement pour la quantification de C. jejuni, C. coli et C. lari dans l'eau. Ce projet a permis de constater qu'un enrichissement de 16 h permettait d'augmenter, par un facteur relativement constant, le nombre de C. jejuni contenu dans un échantillon d'eau naturellement contaminé et ce, peut importe la condition cellulaire initiale occasionnée par un séjour dans l'eau. De plus, les résultats obtenus via le protocole de RT-PCR semi-quantitative sont comparables à la quantification obtenue via la méthode MPN (rho de Spearman = 0,84; P < 0,001), ce qui permet de croire que ce protocole simple pourrait éventuellement être un choix envisageable pour la détection et la quantification du Campylobacter dans l'eau.