Caractérisation d'isolats intranodulaires de l'espèce Micromonospora provenant de la plante Comptonia peregrina

Abstract

Jusqu’à présent, le genre Micromonospora a été isolé de plusieurs espèces de légumineuses et chez quelques plantes actinorhiziennes. Dans le cadre de ce travail, nous nous sommes concentrés sur la présence de Micromonospora à l’intérieur des nodules actinorhiziens en tentant d’améliorer nos connaissances sur le rôle que cet agent bactérien pourrait y jouer. Une attention particulière a été portée sur les nodules racinaires de Comptonia peregrina, un arbuste indigène de l’Amérique du Nord. Par une méthode standard d’isolement, trois isolats intranodulaires (C5, C6 et C16) ont été obtenus, puis caractérisés taxonomiquement en utilisant une approche basée sur les génomes entiers, employant M. aurantiaca ATCC 27029 comme souche-type pour notre étude. Les analyses phylogénomiques ont confirmé que C5 et C16 appartenaient à l’espèce M. aurantiaca. L’autre isolat, C6, était associé à une espèce non décrite de Micromonospora. Tous les isolats présentaient des caractéristiques similaires à d’autres membres du genre Micromonospora. Pour mieux évaluer la délimitation des espèces, les identités nucléotidiques moyennes (OrthoANI) et les valeurs numériques d’hybridation ADN-ADN (dDDH) ont été calculées. Les séquences génomiques ont également démontré le potentiel de promotion de croissance végétale des trois isolats sélectionnés. Plusieurs gènes impliqués dans la production de biofilm, la solubilisation des phosphates et la biosynthèse de phytohormones ont par ailleurs été identifiés. Cette étude est la première décrivant l’isolement et l’identification de bactéries intranodulaires autres que Frankia sp. issues des nodules de C. peregrina. Les résultats obtenus confirment d'une part la présence de bactéries appartenant au genre Micromonospora dans les nodules d'une espèce actinorhizienne additionnelle et suggèrent que celles-ci pourraient posséder des traits utiles à la plante.