Développement d'une méthode à haut débit pour la caractérisation d'éléments régulateurs chez la bactérie Mesoplasma florum

Abstract

La caractérisation de matériel génétique peut s’avérer longue et fastidieuse chez les organismes ne possédant que très peu d’outils d’ingénierie génétique tels que les bactéries de la classe des Mollicutes. J’ai donc développé une méthode de caractérisation à haut-débit pour les Mollicutes, à partir du châssis cellulaire de Mesoplasma florum. Par l’entremise de la transposase Tn4001, une plateforme d’intégration site-spécifique basée sur la recombinase Bxb1 a premièrement été introduite chez cet organisme. Ceci a ensuite permis d’insérer une vaste collection de promoteurs synthétiques comprenant une boîte -10 de séquence aléatoire. À l’aide d’une stratégie d’indexation novatrice, l’ensemble des séquences de la collection de promoteurs introduite chez M. florum a été déterminée, puis la force de 1 540 différents promoteurs a simultanément été mesurée par séquençage à haut-débit. Cette approche permet une augmentation importante du nombre d'éléments génétiques pouvant être étudiés en une courte période, en plus d'avoir suggéré des séquences promotrices associées à une vaste gamme de niveaux d'activité transcriptionnelle. Divers types d'éléments génétiques pourront ainsi être étudiés afin de mieux comprendre leurs caractéristiques et développer de nouveaux outils moléculaires plus performants chez M. florum et d'autres bactéries.