Mise au point d'une technique RAPD (Ramdom Amplified Polymorphic DNA) pour l'identification et la discrimination de bifidobactéries d'intérêt commercial

Abstract

Depuis quelques années la mise au point de produits probiotiques pousse l'industrie à introduire de nouvelles souches dans leurs ferments. Dans cette voie, l'utilisation de nouvelles espèces et même de nouveaux genres tel Bifidobacterium est envisagé. Cependant, ces changements nécessitent une bonne identification de ces nouvelles souches et la réglementation exige, de plus en plus, que cette identification soit génétique. Une technique d'identification génétique intéressante industriellement devrait être rapide, peu coûteuse, ne pas nécessiter de connaissance sur le génome et pouvoir identifier plusieurs espèces. La technique Random Amplified Polymorphie DNA (RAPD) permet de répondre à toutes ces attentes. Cette technique a donc été mise au point pour 6 espèces du genre Bifidobacterium d'intérêt industriel. La reproductibilité entre les répétitions de la technique RAPD et entre deux extractions d'ADN totalement indépendantes a été démontrée. L'utilisation de 5 amorces a permis de caractériser 62 souches d'espèces connues permettant l'élaboration d'une base de données informatique utilisée pour l'identification de souches inconnues. Deux types de bandes sont générés. Des bandes communes servent à regrouper les souches selon leur espèce. Les bandes polymorphes servent à faire du typage, soit démontrer les différences génétiques à l'intérieur de l'espèce. En comparant des souches identiques, un seuil de coupure a pu être établi selon chaque espèce. De cette façon, des groupes génétiques ont été obtenus. Ainsi la technique RAPD a permis l'obtention de 5 groupes génétiques chez B. longum, 4 chez B. animalis, 3 chez B. breve, 5 chez B. bifidum, 6 chez B. infantis et 5 chez B. adolescentis. Finalement, 24 souches inconnues ont été soumises à la base de données. De celles-ci, 22 ont été identifiées à B. animalis, une à B. longum et une n'a pu être identifié de façon certaine.