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Other titre : Structural and dynamic characterization of UbKEKS, a newly identified ubiquitin encoded in pseudogene

dc.contributor.advisorRoucou, Xavier
dc.contributor.advisorLavigne, Pierre
dc.contributor.authorDelattre, Patrickfr
dc.date.accessioned2020-04-24T14:19:50Z
dc.date.available2020-04-24T14:19:50Z
dc.date.created2020fr
dc.date.issued2020-04-24
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11143/16941
dc.description.abstractL’ubiquitine est une protéine de 76 acides aminés utilisée par la cellule comme modification post–traductionnelle. Cette modification est effectuée par des enzymes spécialisés catalysant la liaison covalente de la glycine C-terminale de l’ubiquitine au groupement amine d’une lysine de la protéine cible. L’ubiquitine sert de signal dans diverses voies cellulaires, notamment les voies TGF-b, des MAP kinases et de dégradation par le protéasome. La régulation de ces voies étant affectée dans la plupart des cancers, leur étude est de la plus haute importance. Jusqu’à présent, une seule ubiquitine était reconnue pour être exprimée et jouer les rôles de transmissions des signaux dans tous les types cellulaires. Récemment, les groupes du Pr. François-Michel Boisvert et du Pr. Xavier Roucou ont découvert que le pseudogène UBBP4 exprime une nouvelle ubiquitine, nommée UbKEKS en raison de 4 acides aminés différents par rapport à l’ubiquitine canonique. Les résultats préliminaires suggèrent que cette nouvelle protéine n’interagit pas avec le protéasome, contrairement à son homologue canonique. Afin de mieux comprendre l’origine de ces différences au niveau fonctionnel, nous avons entrepris de déterminer la structure d’UbKEKS. Dans ce mémoire, nous rapportons la structure d’UbKEKS par résonance magnétique nucléaire en solution ainsi que la dynamique de la chaîne principale à différentes échelles de temps. Bien que la structure tertiaire soit conservée, des différences au ninveau de la dynamique et de la surface de liaison aux motifs reconnaissants l’ubiquitine existent et pourraient être à l’origine de la différence de fonction entre UbKEKS et l’ubiquitine canonique.fr
dc.description.abstractAbstract: Ubiquitin is a 76 amino acid protein used by the cell as a post-translational modification. This modification is carried out by specialized enzymes catalyzing the formation of a covalent bond with the C-terminal glycine of ubiquitin to the amine group of a lysine of the target protein. Ubiquitin serves as a signal in various cellular pathways, including the TGF-b, MAP kinases, and degradation by the proteasome pathways. The regulation of these pathways being affected in most cancers, their study is of the utmost importance. Until now, only one ubiquitin is known but recently, the groups of Pr. François-Michel Boisvert and Pr. Xavier Roucou discovered that the pseudogen UBBP4 expresses a new ubiquitin, named ub KEKS due to 4 different amino acids compared to the canonical ubiquitin. Preliminary results suggest that this new protein does not interact with the proteasome, unlike its canonical counterpart. In order to better understand the origin of these differences at the functional level, we set out to determine the structure of UbKEKS. In this thesis, we report the structure of UbKEKS by nuclear magnetic resonance in solution as well as the dynamics of the main chain at different time scales. Although the tertiary structure is preserved, differences in dynamics and the surface of interaction with ubiquitin binding domaines could be at the origin of the difference in function between UbKEKS and Ub.fr
dc.language.isofrefr
dc.publisherUniversité de Sherbrookefr
dc.rights© Patrick Delattrefr
dc.subjectUbiquitinefr
dc.subjectProtéine alternativefr
dc.subjectPseudogènefr
dc.subjectStructurefr
dc.subjectDynamique moléculairefr
dc.subjectRésonance magnétique nucléairefr
dc.subjectRMNfr
dc.subjectUbiquitinfr
dc.subjectAlternative proteinfr
dc.subjectPseudogenefr
dc.subjectStructuralfr
dc.subjectMolecular dynamicfr
dc.subjectNMRfr
dc.titleCaractérisation structurale et dynamique d’UbKEKS, une ubiquitine nouvellement identifiée et encodée dans un pseudogènefr
dc.title.alternativeStructural and dynamic characterization of UbKEKS, a newly identified ubiquitin encoded in pseudogenefr
dc.typeMémoirefr
tme.degree.disciplineBiochimiefr
tme.degree.grantorFaculté de médecine et des sciences de la santéfr
tme.degree.levelMaîtrisefr
tme.degree.nameM. Sc.fr


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